基金持仓股涨了但基金亏损的情况可能有以下几个原因：

1. 市场整体下跌：尽管基金持仓股涨了，但如果整个市场或行业都出现了下跌，基金的其他股票可能出现了较大幅度的下跌，导致基金总体亏损。

2. 基金仓位调整：基金经理可能会根据市场情况进行仓位调整，卖出一些涨幅较高的股票以锁定收益，然后买入一些估值较低的股票。这种操作可能导致基金在短期内出现亏损。

3. 基金费用：基金会收取管理费和销售服务费等费用，这些费用会从基金资产中扣除，可能导致基金净值下降，即使基金持仓股票涨了。

4. 信托份额：一些基金是以信托形式发行的，基金份额的价格可能与基金实际净值存在一定的差距。如果基金份额价格高于实际净值，那么即使基金持仓股票涨了，投资者仍然可能亏损。

5. 市场情绪影响：市场情绪的波动可能导致投资者情绪的波动，从而影响基金的赎回和申购。如果投资者出现大规模赎回，基金可能需要卖出持仓股票以满足赎回需求，这可能导致基金亏损。

总之，基金持仓股票涨了但基金亏损的原因可能是市场整体下跌、基金仓位调整、基金费用、信托份额差距和市场情绪影响等因素的综合作用。投资者在选择基金时应该考虑以上因素，并进行合理的风险管理。